以前、「OpenPNE コンテンツをセンター寄せにする」というエントリを書きましたが OpenPNE2.12 ではデザインがかなり変更されており以前のやり方ではできません。
public_html/xhtml_style.php で CSS を出力しているので、この xhtml_style.php に修正を加えます。
xhtml_style.php 260行目からの以下の部分を
#Container { position: relative; width: 720px; }
下記のように変更します。
#Container { position: relative; width: 720px; margin-right: auto; margin-left: auto; }
これでコンテンツが中央に寄ります。